まず、王道を３つ。
Vector
http://rd.vector.co.jp/

窓の杜
http://www.forest.impress.co.jp/

Seesaa
http://download.seesaa.jp/

最近、徐々に有名になりつつあるサイト。

Cow&Scorpion
http://cowscorpion.com/index.html
(まあ、理由はひとつ。shareやwinny、winnypがあるから。But、yahoo!!のYahoo!カテゴリのなかのコンピュータとインターネット > セキュリティと暗号化 >ウイルス、ワームにあるのはなぜ？)

アルテック
http://www.altech-ads.com/
(ここも結構winMXとかP2Pたくさん。)

SourceForge.jp
http://sourceforge.jp/
(余りつかわねぇ)

全部日本のサイトです。
一応紹介．．．
InfoCentral.jp
http://www.infocentral.jp/
一応の理由は、説明がメチャクチャなんでなんです。